El 2 de agosto se hacía pública la creación del nuevo Mazarrón Fútbol Club, con José Miguel Rodríguez como presidente del nuevo proyecto. En marzo se dio el nombramiento de Juan Carlos de La Cuesta como nuevo presidente del Club, luego de la renuncia a finales del 2009 de Víctor Hugo Marulanda. El 15 de marzo Nacional visitó a Peñarol en Montevideo, el partido terminó 4-0 a favor con goles de Jonathan Copete, Daniel Bocanegra, Orlando Berrío y Luis Carlos Ruiz, la quinta fecha, contra Sporting Cristal, en Perú, terminó 1-0 con gol de penal de Víctor Ibarbo, la sexta y última fecha contra C. A. Huracán, terminó 0-0. El equipo fue el mejor primero de la competición, terminando así la mejor fase de grupos de Copa Libertadores en toda la historia de Nacional. El 26 de mayo se confirmó la salida del técnico Juan Carlos Osorio, se fue de Nacional con 3 Ligas, 2 Copas y 1 Superliga de Colombia, siendo, junto a Reinaldo Rueda, el más ganador en la historia del club. El segundo encuentro, jugado el 19 de diciembre, en el Estadio Atanasio Girardot, terminó 0-0, obteniendo así el título Nacional por décima ocasión y el primer bicampeonato en su historia.

En la ciudad de Pasto el marcador fue 0-0, definiendo el título en el Estadio Atanasio Girardot 2-0 a favor del verde con goles de Juan David Valencia y Fernando Uribe. En el partido de vuelta, Nacional goleó al Junior, esta vez por marcador de 3-0 con goles de Jefferson Duque y John Pajoy en dos oportunidades. La Superliga de Colombia 2012 fue la primera edición del torneo oficial de fútbol colombiano, que enfrentó el cuadro antioqueño como campeón del Torneo apertura 2011, y el campeón del Torneo finalización 2011, Junior de Barranquilla, el equipo Verdolaga en el primer juego logró ganar como visitante 3-1 con 2 goles de Jefferson Duque y un autogol de Andrés Felipe González. Los directivos del equipo lograron la contratación del profesor Juan Carlos Osorio, el cual realizó pocos cambios a la nómina, los más importantes fue la rescisión del contrato con Cristian Tula y Johan Fano, la no renovación a Jairo Patiño y la venta de Dorlan Pabón y Juan Fernando Quintero, el traspaso del delantero John Pajoy, el delantero Jefferson Duque, el préstamo por un año de Cristhian Bonilla, el fichaje de Francisco Nájera y del delantero Fernando Uribe. En la final cayó 1-2 en la ida, jugada en el estadio de Techo, en Bogotá, ya en Medellín, se repitió el mismo resultado pero a favor del verde, con goles de Dorlan Pabón y Carlos Renteria, el título se definiría en los penaltis, camisetas de futbol baratas 2024 dónde el arquero argentino Gastón Pezzuti se convirtió en figura al tapar 3 de los 5 penaltis cobrados y de esta forma darle el decimoprimer título a los verdolagas.

2 años, pero este no fue la excepción, el equipo tenía grandes figuras como Giovanni Moreno, Jairo Patiño y Víctor Ibarbo, pero no dio la talla, perdiendo el clásico del fútbol colombiano con Millonarios en Bogotá 1-2 y los clásicos paisas frente al Medellín, el equipo quedó octavo en la fase de todos contra todos y no logró clasificarse a las semifinales. No tuvo un buen papel el equipo verdolaga, sin embargo, logró clasificar como segundo del grupo y pasó a los octavos de final frente al Fluminense F. C. de Brasil (equipo que a la postre salió subcampeón), donde caería derrotado en ambos encuentros por 1-2 y 1-0, en Medellín y en Río de Janeiro, respectivamente. En los cuadrangulares hizo un papel desastroso y terminó último de su grupo con apenas 5 puntos, faltando dos fechas para el final de los cuadrangulares, Nacional estaba eliminado y sin ninguna opción para clasificarse a los torneos internacionales, por esto y por la eliminación en la Copa Colombia en cuartos de final, José Fernando Santa fue destituido de su cargo, además de no tener continuidad con la nómina ni con la inclusión de los jóvenes en el equipo profesional.

El CE Europa ha tenido un papel destacado en la competición los años 2006, 2007, 2014 y 2017 cuando llegó hasta semifinales. También participó en la Copa Colombia, copa que se volvió jugar después de 19 años. En el año 2013, Atlético Nacional se convirtió en el primer Bicampeón de la Copa Colombia, después de haber ganado la final frente a Millonarios. En el torneo apertura de 2013, Nacional terminó segundo en la fase de todos contra todos con 32 puntos, en los cuadrangulares superó a Itagüí, Deportes Tolima y Deportivo Pasto. Desde 2018, arrancó la participación de los campeones de la League1 Ontario y de la Première Ligue de soccer du Québec, mientras que el FC Edmonton cerró sus operaciones, por lo que el torneo fue disputado por 6 equipos. En la Copa Colombia, luego de clasificar primero de su grupo, eliminando a equipos como Medellín y Once Caldas, clasificó a octavos de final donde eliminó al Boyacá Chicó, pero fue eliminado en los cuartos de final por el Itagüí Ditaires.