El Muleño Club de Fútbol se fundó en 1986 tras la desaparición del histórico Atlético camiseta futbol Muleño. 1931-32 Madrid F. C. Athletic Club F. C. Barcelona Campeón invicto. El campeón fue el equipo albo, que derrotó por la cuenta mínima a Unión Española en el Estadio Nacional. El equipo nacional enfrenta a Corea del Sur, Japón y el local China, quedó en el tercer puesto del grupo, con dos empates y una derrota. El trofeo nuevamente cambia de nombre, llamándose Copa DIGEDER, y el formato de torneo incluye a los equipos del ascenso, formando 4 grupos de 10 equipos. La versión de 1986 tuvo un drástico cambio en el formato de torneo. La final de 1986 también fue única en su tipo, ya que es la única en que el campeón se definió en un tercer partido (en la ida ganó Cobreloa por la cuenta mínima, y en la vuelta ganó Arturo Fernández Vial por 2-0). El partido definitorio se jugó en el Estadio Regional de Antofagasta, alzando al equipo naranja por primera vez como campeón de copa, tras vencer a su rival por 3-0. Todos los goles se concretaron en el tiempo de alargue. Se instaura la fase de octavos de final, en donde los 16 mejores equipos de la fase grupal se eliminaron en llaves de ida y vuelta, exceptuando la final que fue a partido único.

El ambiente seguía conmocionado con el partido entre Chile y Brasil. En 1987, el torneo nuevamente cambia de nombre, llamándose Copa LAN Chile. El equipo cruzado, contaba ese año con destacados jugadores como los chilenos Patricio Toledo, Fabián Estay y Jorge Contreras y el peruano José Del Solar, quienes ese mismo año, disputaron la Copa América, que se jugó precisamente en Chile. Durante los más de cien años de la entidad han vestido la camiseta del club una gran cantidad de jugadores que han dejado su huella en el mismo: Klaus Augenthaler, Franz Beckenbauer, Paul Breitner, Stefan Effenberg, Giovane Élber, Uli y Dieter Hoeneß, Oliver Kahn, Bixente Lizarazu, Sepp Maier, Lothar Matthäus, Gerd Müller, Karl-Heinz Rummenigge, Hans-Georg Schwarzenbeck, Mehmet Scholl o Roland Wohlfarth. El final de temporada fue decisivo: Manolo Albarracín se marchaba del club tras la enésima situación institucional y convocaba elecciones. Su situación es un espacioso arenal, que forma a la orilla del mar, mirando al Oriente, la ensenada o boca del barranco. El regreso del tenis al programa olímpico -del que estaba ausente desde París 1924- conllevó también la entrada de los jugadores profesionales adscritos a la Federación Internacional de Tenis, sin límite de edad.

Entre los jugadores destacados de dicha final, se encuentran el delantero Carlos Caszely (que se retiró del fútbol ese mismo año), el portero Mario Osbén, el defensor Lizardo Garrido y el puntero argentino Horacio Simaldone, que marcó el único gol de la final. Entre las figuras del equipo campeón, aún dirigido por Arturo Salah, destacaron el arquero argentino Daniel Morón, el defensor Lizardo Garrido, los volantes Jaime Pizarro, Raúl Ormeño y Marcelo Barticciotto y el propio Dabrowski. El formato de torneo se mantuvo intacto, y el ganador clasificaba a la Liguilla Pre-Libertadores de 1990. En la final, el equipo colocolino derrotó a la Universidad Católica por la cuenta mínima, con gol del polaco-argentino Ricardo Dabrowski. El formato de grupos continúa, aunque el número disminuye a ocho clubes por grupo. El formato de torneo agrupó a todos los clubes de Primera División en dos zonas de 8 equipos, en donde los cuatro primeros de cada grupo clasificaban a cuartos de final. El torneo fue ganado por Colo-Colo, que derrotó por la cuenta mínima a Palestino en el Estadio Santa Laura. Por la zona norte ganó Cobresal, que tuvo como figuras a los delanteros Iván Zamorano y Rubén Martínez; mientras que por la zona sur clasificó Colo-Colo, dirigido en ese entonces por Arturo Salah.

Se convino que los seis mejores clubes, ya declarados profesionales -Audax Italiano, Badminton, Colo-Colo, Magallanes, Morning Star y Unión Deportiva Española- jugaran los domingos, mientras que los otros seis, de carácter amateur, camisetas baratas futbol lo hicieran los sábados. El ganador de este torneo fue Unión Española que venció en la final a Huachipato. La edición que inició la década se jugó como un torneo de apertura de temporada, iniciando en marzo y acabando en junio. El torneo de ese año estuvo marcado, por el polémico partido de semifinales, entre el equipo albo y Universidad Católica, también en el mismo recinto de Ñuñoa, que ganó el «Cacique» también por 1-0. Ese mismo año, también estuvo marcado, por el histórico descenso de Universidad de Chile, que era dirigida por Manuel Pellegrini. La base del equipo tricampeón, fue el mismo que al año siguiente (con el croata Mirko Jozic en el banco), ganaría la Copa Libertadores de América.