Desde enero de 2020 hasta agosto de 2021 fue entrenador de la reserva de Boca Juniors. Santa Fe contrató como entrenador al español José Castillo, hasta ese momento encargado del Red Star de Saint-Ouen, un suburbio de París. Debutó en Boca con el número 34 durante el Clausura 1998. Para el torneo siguiente, Carlos Bianchi le dio la 22 que usó hasta el Clausura 2001. En la Copa Libertadores 2001 al no estar inscrito en la primera parte ya que venía de una lesión, ingresó en la lista por José María Calvo que tenía el número 24. La 22 en esa Copa la usó Gustavo Pinto. Tras tres victorias consecutivas, el equipo subió hasta la sexta posición y ya no abandonaría en toda la campaña las plazas de acceso a la Liga Europa. Por más de un año se planteó el rumor del retiro y siempre lo desmintió: «Quiero jugar la Libertadores», dijo a mediados de 2012. Pero pese a incluso tratarse clínicamente en Europa nunca pudo mejorar la situación, que se tornó irreversible. El 2009 fue un año malo para Boca ya que no consiguió títulos. ↑ Historia de Boca. La historia del FAS se remonta al 16 de febrero de 1947, durante la reunión de los representantes de los combinados de la ciudad en el local de la Escuela de Artes y Oficios José Mariano Méndez, acuerdan la creación de un solo equipo que luego tendría el nombre de «Futbolistas Asociados Santanecos», abreviado a «FAS».

El último acto fue la presentación del partido de Leyendas, donde grandes jugadores de la historia valencianista vinieron a Mestalla a presentar dicho encuentro. Una costumbre del Virrey asignar la numeración como en las épocas antiguas, tratando de que los titulares tengan los números del 1 al 11. Sin embargo no fue una buena mitad de año con una nueva lesión. «Después de las adaptaciones en dibujos, dos en televisión y una en los cines, me dije a mí mismo que si accedía a llevar a cabo este proyecto, sería la última vez. Y en la última fecha, los ecuatorianos recibieron la visita de Argentina en Quito, camiseta de valencia donde se despidieron de las eliminatorias con una nueva derrota por 1-3 con gol del ecuatoriano Romario Ibarra con el gol más rápido a los cuarenta segundos. Debutó ante Instituto por la fecha 21, en un empate 0 a 0. Una semana más tarde, el equipo goleó 3 a 0 a Juventud Unida y en la siguiente fecha venció 2 a 0 a Agropecuario. En julio de 2021 reemplazo a Miguel Ángel Russo durante el aislamiento de gran parte del plantel profesional tras la derrota con Atlético Mineiro y dirigiendo así los partidos ante Banfield y San Lorenzo.

El 17 de agosto de 2021 fue presentado como Director Técnico del equipo Xeneize tras el despido de Miguel Ángel Russo. En el torneo Apertura vuelve Alfio Basile como entrenador. Precisamente en este torneo su equipo se consagraría campeón, por lo que Battaglia se convirtió en el jugador que más títulos ganó en Boca con 17, uno más que otro ídolo de Boca Juniors, Guillermo Barros Schelotto. Debutó en 1.ª ronda batiendo al belga Christophe Rochus por un claro 6-0, 6-2 y 6-2. En 2.ª ronda venció al croata Roko Karanušić por 6-2, 6-3, 6-2. En 3.ª ronda venció al alemán excampeón de Grand Slam, Tommy Haas por un claro 6-4, 6-2 y 6-2, en 4.ª ronda venció al chileno y n.º 13 del mundo Fernando González por un fácil 6-3, 6-2 y 6-4 cobrándose revancha de lo ocurrido en los cuartos de final del Abierto de Australia 2007 y de esta forma accediendo a la segunda semana del torneo australiano mostrando un gran tenis. Tras este triunfo, camiseta de futbol la selección de España se convirtió en la primera que ganó los siete partidos de la fase final de una Eurocopa y la máxima goleadora histórica con 15 tantos. En la Copa Libertadores jugó los 8 partidos pero quedó eliminado en 8.º de final por Defensor Sporting.

En la temporada 1934-35 logró su primer ascenso a Primera División, alcanzando un quinto puesto como mejor clasificación en 1975. En la competición nacional de copa (actual Copa del Rey), su mayor logro data de 1936, alcanzando las semifinales de la competición. El 8 de diciembre de ese mismo año ganó la Copa Argentina 2019-20, este fue su primer título como entrenador de Boca. Al acabar aquella temporada Benito Díaz decidió dejar su labor como entrenador y la Real buscó como sustituto a José Ignacio Urbieta, que había sido jugador del club unos años antes. El 17 de marzo de 2018, Battaglia asumió el cargo como nuevo entrenador de Almagro, en la Primera B Nacional, tras la renuncia del entrenador Alfredo Grelak. El 2 de diciembre de 2024, fue anunciado como técnico de San Miguel y firmó contrato por una temporada. Se realizó en el restaurante una pantagruélica paella, desfile de la guardia del Mar, intercambio de Llaves Simbólicas de la ciudad de Mar del Plata y Kimberley, entre el embajador sudafricano y el Intendente Luis Fabrizio.