Esta época es recordada como aquella que dio origen a la famosa arenga que ya se hizo un espacio dentro del mundo del fútbol y la cual vio nacer al apodo más conocido y famoso del elenco rojo: camisetas de futbol 2024 «El papá». Su historia se remonta a 1938 cuando Alfredo «Papay» Holguín, alumno muy entusiasta a la hora de arengar a sus compañeros, vio que justamente el equipo incaico iba perdiendo 2-0, ante el Universitario del Cusco y para dar ánimos al club, Holguín completo una frase que se venía cantando durante el partido: «Upa, upa, upapá.. el Cienciano es el Papá». Por lo que en dicho recinto empezaron a figurar dos equipos, el Cienciano y el Universitario del Cusco, equipo derivado de la Universidad San Antonio Abad del Cusco. Recibió la visita de Universitario de Deportes con su máxima estrella, Lolo Fernández. Clásico del Sur y son de los clubes del interior que más hinchas tienen en todo el Perú. Para su fundación varios nombres se presentaron como propuestas, tales como: Mancha Amarilla o Tormenta Amarilla; sin embargo, debido a su ubicación en la General Sur y a la afición que tenían sus primeros integrantes hacia el Rock y el Heavy Metal decidieron nombrar a la barra como Sur Oscura.

El jugador que recupere el balón puede correr sosteniendo el balón o lanzárselo a un compañero, siempre y cuando no sea hacia delante. Sus maneras poco refinadas a la hora de jugar el balón y algún que otro fallo puntual, condenaron al central vasco demasiado pronto. El uniforme del conjunto cusqueño ya empezaba a utilizar medias de color rojo, en reemplazo a las blancas que utilizaba anteriormente. Para ese entonces, Cienciano utilizaba como uniforme una chompa roja, ribete blanco, pantalón negro, gorra y zapatos ingleses. Cienciano logró imponerse como era costumbre en la Liga Departamental del Cusco, campeonando en 1952, 1954, 1955, 1956 y 1959, y así logrando 22 títulos oficiales en la era amateur. Cienciano logró siete títulos más a sus vitrinas durante dicha década, obteniendo así su pentacampeonato en la Liga Departamental del Cusco y el tricampeonato de copas Municipales en el Cusco. En la temporada 2008-09 Valbuena comenzó a ser titular y apareció en treinta y un partidos de liga. Cienciano logró ser campeón de la Liga Departamental cuatro veces más, durante los años 1924, 1927, 1928 y 1929, respectivamente. Las Plimsolls eran ampliamente utilizadas por personas que iban de vacaciones pero empezaron a ser llevadas también por deportistas en las canchas de tenis y croquet para su comodidad.

El Deportivo Táchira disputó algunos partidos en la ciudad de Caracas como local debido a la remodelación de su estadio por la Copa América 2007, camisetas fútbol mientras que Estudiantes de Mérida trasladó su sede al Estadio Campo de Oro por la misma razón. Destacaron en dicha época, jugadores como Humberto de la Sota, delantero, Eduardo Cáceres como defensa y William Newell, profesor, fundador y director técnico; Luis Alberto Araníbar en el medio campo. Los jugadores más emblemáticos en dicha época fueron Luis «Chuto» Barra, Tomás Varela, Leoncio «Cholo» Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacón «Maquisapa» arquero, Juan «Chiflas» Aguilar y el «negro» Oswaldo Rubio. Luego, cayó con Estados Unidos 1 a 0 en San Luis (Misuri), se empató con Trinidad y Tobago 1 a 1 en el estadio Nacional (actual Hasely Crawford) de Puerto España con gol de Evaristo Coronado, se le goleó a El Salvador en el Estadio Cuscatlán de San Salvador por 4 a 2, con goles de Carlos Mario Hidalgo, Juan Cayasso y Leonidas Flores en dos ocasiones. Suplentes: Fabián Carabalí, John Freddy Tierradentro, Pablo César Pachón, Jairo Suárez, Juan Carlos Toja, Daniel Gamarra, Léider Preciado.

Andorra y la principal competición a nivel de clubes del país. También cuenta con 3 torneos del campeonato local (Clausura 2001, Apertura 2005 y Clausura 2006), Campeón Nacional Liga 2 2019, 3 Copas Perú Región VII y 2 Copas Regionales Sur; y a nivel departamental, 3 Copas Municipales y 28 Copas de la Liga Departamental del Cusco. Durante esta década consiguió 4 títulos más en la Liga del Cusco. Cienciano logró nuevamente demostrar su dominio en la Liga Departamental del Cusco, consiguiendo así campeonar en 1944, 1945 y 1948. Obteniendo 14 títulos en la Liga y 3 Copas Municipales en sus vitrinas, un total de 17 títulos oficiales. Dando a entender el predominio en dicha Liga y consiguiendo así 12 títulos oficiales en sus vitrinas (9 en la Liga y 3 durante la Copa Municipal del Cusco). Durante dicha época, Cienciano logró 2 copas en la Liga, durante los años 1931 y 1936, logrando así 14 títulos oficiales en sus vitrinas.