Sin embargo, debido al derrumbe de una tribuna del Estadio Italiano y la posterior trifulca por parte de los aficionados, el partido fue suspendido cuando Colo-Colo ganaba por 2:1, quedando así vacante el campeonato y dejando un saldo de al menos 130 heridos y 3 muertos. Otros autores, no obstante, señalan que el campeonato no quedó vacante, sino que fue otorgado tanto a Audax Italiano como a Colo-Colo. Apertura 2009 se cumplió una mala campaña que significó quedar fuera de los playoffs por primera vez. Vozpópuli se ha puesto en contacto con una persona que dirige una web de «venta de réplicas deportivas», quien ha preferido mantener su anonimato. Así, el cuadro albo mantuvo su hegemonía, de ser el único club chileno, que nunca ha perdido la categoría. Los jugadores más jóvenes del equipo, liderados por David Arellano, exigían una serie de reformas en el manejo dirigencial y económico del club. El 2 de mayo de ese año, en un encuentro amistoso contra la Real Unión Deportiva de Valladolid en España, fue fuertemente lesionado el capitán y fundador de Colo-Colo, David Arellano, producto de un golpe que le causó una peritonitis, que al día siguiente lo llevó a la muerte.

Después de la salida de Jozić del club, Colo-Colo sufrió algunos años de inestabilidad, provocados por la disputa de la presidencia, entre las facciones encabezadas por Peter Dragicevic y Eduardo Menichetti y que acabó con la elección del primero de estos, además una deuda en lento crecimiento. Para disminuir los costos del club, la dirigencia decidió reducir los incentivos monetarios que se pagaban a los futbolistas del primer equipo, lo que provocó un fuerte rechazo por parte de estos y de algunos dirigentes. Durante la temporada 2020, el club vivió la peor temporada de su historia, debido a la mala preparación del club luego de que la pandemia de COVID-19 llegara al país y paralizara el fútbol chileno por más de cinco meses, al regresar la actividad, el club poco a poco se sumió en la tabla anual, luchando a partir de la 11° fecha en las posiciones de descenso, provocando la salida del entrenador interino Gualberto Jara tras la fecha n° 13, en su relevo llegaría el argentino nacionalizado boliviano Gustavo Quinteros. Colo-Colo durante dos años contó con una filial del primer equipo de fútbol, denominada Colo-Colo Filial, la cual participó de las competiciones de reserva, y en 2012 en la Segunda División Profesional, tercera categoría de los campeonatos de fútbol en el país.

La cultura es el conjunto de expresiones de una sociedad, replicas camisetas futbol y como tal el fútbol no está exento de la misma. Los años 1930 continuaron con la formación de la primera Liga Profesional del país, idea desarrollada en conjunto con otros equipos de la capital. Segunda B. Además en esta última temporada contó con un conjunto filial en la Regional Preferente de La Rioja, que desapareció al terminar la temporada. Esta información se confirma el día 25 de abril de 2011 por parte del presidente del club Ángel Torres Sánchez en rueda de prensa, y se comunica que entraría en vigor el 1 de julio de 2012. Pasado un año, por informaciones contradictorias por parte de la dirección del club y de Royal Emirates Group se desconocía cual había sido el acuerdo firmado entre ambos, y el futuro del mismo. En el periodo comprendido entre el 2005 al 2009 asumió la Dirección General del Club el Licenciado en Derecho y Máster en Administración de Negocios con Marketing Deportivo: Ilie Oleart Boeufve, el cual a día de hoy es un gran y reconocido autor y periodista deportivo. A fines de 2005 fue despedido el director técnico Ricardo Dabrowski, y en su reemplazo fue contratado el exjugador argentino Claudio Borghi, teniendo un Colo-Colo completamente renovado y joven.

Tras el alejamiento de Borghi, Fernando Astengo fue el encargado de dirigir al cuadro popular. En sus primeros partidos con el Liverpool Rodríguez dio 2 asistencias de gol, ambas para su excompañero de equipo Fernando Torres. El 24 de febrero de 1946, Santa Fe obtuvo el primer triunfo sobre un equipo extranjero, al derrotar 1-0 en El Campín al Panamá Sporting de Guayaquil. En 2010 Colo-Colo en Copa Libertadores no supera la fase de grupos quedando tercero con 8 puntos, luego Hugo Tocalli renunciaría y llegaría a la banca el también argentino Diego Cagna, con un campeonato largo luego del terremoto en febrero quedarían punteros luego de la primera rueda y clasificaría a la Copa Sudamericana de ese mismo año la cual quedarían eliminados en primera ronda por Universitario de Sucre. Al año siguiente Colo-Colo se tituló campeón de la Recopa Sudamericana al derrotar por penales a Cruzeiro de Brasil y de la Copa Interamericana al vencer al Puebla de México. Supercopa Sudamericana y una vez a la semifinal de la Copa Libertadores.