Pepsi firmó un contrato de 3 millones de dólares con la Confederación Brasileña de Fútbol. Por eso debían de reforzar el equipo, fue cuando llegó Frank Palomino ídolo del Cusco que tras su experiencia en el fútbol asiático volvió a ponerse la camiseta del equipo de sus amores y también volvió el mexicano Óscar Olvera, el uruguayo Ernesto Zapata, dejando el plantel Villanueva y Martínez Troncoso. Para el Clausura el entrenador Carlos Daniel Jurado formó su equipo con los porteros Mauriño Mendoza, Riofrío, Roberto Martínez, Cristian García, Carlos Maldonado, Frank Palomino, Gilberto Flores, Molina, Candía, Cumapa, Villanueva, Ortega, Gabriel Rodríguez, Carrasco, Prado, Martínez, Ramón Rodríguez, Roggeiro. En 1973, la Argentina tenía como entrenador a Enrique Omar Sívori y una de las prioridades era clasificarse a la Copa Mundial de Alemania 1974. Sívori sabía que no se toleraría otro fracaso como el acontecido 4 años antes, cuando los gauchos quedaron afuera del Mundial de México, camisetas de futbol baratas 2024 eliminada por Perú.

Cienciano del Cusco que tenía como entrenador al Argentino Jorge Vichera, por lo que contactan con este y los dirigentes de Cienciano y acuerdan un partido amistoso, para el cual envían un directivo de la AFA y Miguel Ignomiriello, para acordar los pormenores que se les proponía, como son lugar de hospedaje, entrenamientos, etc. Sin embargo en 1977 tras perder la categoría en Chincha, frente a Municipal nadie quiso asumir al Cienciano, entonces los profesores del Colegio vuelven a asumir el reto y nombran nuevamente a Waldo Callo como presidente e inician el reto de devolverlo a la profesional. En una categoría inferior estaban el Esparta, Aurora, Volante, Huascar y otros; los partidos se disputaban en el estadio Universitario de la Av. Desde entonces siempre fue un equipo animador del campeonato, estableciéndose como el mejor equipo del interior del país en varios campeonatos, y como un grande más del fútbol peruano salvo en 1994 y 2010, cuando estuvo a punto de perder la categoría. Durante la década de los 60 a los 80 estos jugadores y otros hicieron grande el fútbol y a la institución y sobre todo al fútbol Cusqueño, estos jugadores formaron parte de uno de los mejores planteles de Cienciano.

El equipo de Cienciano fue manejado por los profesores del colegio alma mater de Cienciano hasta mediados de la década del sesenta, cuando tras crearse la Copa Perú ingreso el fútbol en una mayor competitividad. Así el elenco rojo ya iba marcando la pauta y se iba preparando para las ligas mayores, por lo que en dicha década resaltaron grandes jugadores como los hermanos Castañeda mencionados anteriormente, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, «Cheché» Vásquez, Olmer «cogollo» Zapata, «Wachi» Washinton Miranda, «Papu» Zúñiga, «Fato» Cornejo, «Chino» Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado (perteneciente a la antigua familia Vargas del barrio Santa Ana en Cusco), camiseta de fútbol Juvenal Anaya. En esos años empezó las rivalidades con equipos como el Melgar se enfrentó también con el Universitario, Alianza lima Sporting Cristal con los que tendría grandes rivalidades hasta ahora y otros equipos como Deportivo Municipal, Atlético Chalaco y el Sport Boys. En los 60 y 70 destacaron los hermanos Castañeda, Pepe, Nilo, Walter, Miguel y Humberto, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, «Cheché» Vásquez, Olmer «cogollo» Zapata, «Wachi» Washinton Miranda, «Papu» Zúñiga, «Fato» Cornejo, «Chino» Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado, Juvenal Anaya.

Los jugadores más emblemáticos entre los 40 y 50 fueron Luis «Chuto» Barra, Tomás Varela, Leoncio «Cholo» Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacon «Maquisapa» arquero, Juan «Chiflas» Aguilar y el «negro» Oswaldo Rubio. En aquellos inicios podemos destacar a jugadores de la talla de Toni Gargallo, Pepe Matoses, Toni Vivas, Juan Carlos Seva o Miki entre otros que hicieron historia con el equipo. Cienciano fue el justo ganador de ese vibrante compromiso ante un digno rival, tomo la iniciativa desde el pitazo inicial de juego, llegando con claridad sobre la portería de Juan «Chiquito» Flores el único gol lo convirtió el «Coló» Zapata a los 18 minutos del primer tiempo con un gol impecable de cabeza, las pocas ocasiones de gol generadas por Estudiantes de Medicina fueron ahogados por el portero cusqueño. En esa ocasión Cienciano lo conformaban Dante Fébres, Herbert Yépez, Edmundo Gamarra, Juan Tardío, Javier Buendía, Ovidio Larramendia, Arturo Olazabal, Oscar Alberto Zegarra Sáenz, Teodoro Alfaro, Lucho Cuba, Pablo Muchotrigo. En los 80 Arturo Olazabal, Lucho Cuba, Joselo Valenza, Joselo Carrion, Huambo, Héctor Berrios, Buendía, López, Bustamante, Espinoza, Paredes, Sosa, Carrion, Guerrero, Teodoro Alfaro, Ovidio, Larramendi, Bringas, Riega. Cienciano cumplía 100 años en 2001, y el club imperial quería hacer historia, como primer paso la directiva presidente Juvenal Silva encargó un diseño especial de la camiseta del centenario, con íconos de la cultura inca y el número 100 resaltado.