En 1996 la Organización Ardila Lülle compró al club y se convirtió en el primer club de Colombia en tener un respaldo del mercado privado en el camiseta futbol fútbol. Para comenzar la nueva etapa del equipo, fue escogido Francisco Maturana, exjugador del club. El 29 de diciembre de 2011, Carlos Suárez informó de que el club había solicitado entrar en concurso de acreedores, lo cual fue aceptado por el juez al día siguiente. Por regla, las eliminatorias entre equipos de distinta categoría disputarán la ida en el campo del equipo de categoría inferior, por lo que se alternará en consecuencia el orden de algunas eliminatorias. Torneo Apertura quedó catorce y no pasó a las semifinales y en el Torneo Finalización quedó tercero en la fase regular pero en los cuadrangulares quedó último de su grupo con 4 puntos. Fue incluido en la convocatoria de la selección suiza para la Eurocopa 2016, donde nuevamente fue titular y anotó un tanto de chilena ante Polonia, en octavos de final que fue elegido como el mejor gol del torneo. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo, perdió 0-2 en el Atanasio Girardot y empató a un gol en el Morumbí.

En el partido de vuelta ante Deportivo Quito, ganó por 2-1. El último partido de la primera fase, frente a Emelec, en Medellín, ganó 3-1. Millonarios ganó el grupo, con 10 puntos, seguido de Atlético Nacional con 7 y tercero Deportivo Quito con 4 puntos, clasificándose estos tres a octavos de final. En la parte deportiva llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. En el juego de ida en el Estadio Metropolitano, el equipo costeño ganó 3-0. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales. El primer partido de la final, se jugó en el Estadio Defensores del Chaco en Asunción, Paraguay, frente al Olimpia el 24 de mayo. Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay.

Tras ir ganando 2-1 en el primer tiempo con goles de Teemu Pukki y de Robin Lod, en el segundo tiempo los islandeses remontaron hasta ganar 3-2 finalmente. No fue hasta los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992 cuando las mujeres pudieron luchar por medallas. El único tanto del encuentro lo marcó Aleksandar Kolarov de tiro libre al palo izquierdo en el minuto 56. Un gol que dejó sin reacción a Keylor Navas, de gran actuación en un equipo que intentó hasta el final, incluso encerrando a los serbios en su área en los últimos minutos, pero sin ocasiones claras como para haber aspirado al reparto de puntos.. En el último encuentro que definía el título frente al América, un gol del delantero Pedro Juan Ibargüen y un penal que fue pitado a favor de Nacional en los últimos minutos, hicieron que el América se retirara del terreno de juego antes de terminar el partido, dando como campeón al conjunto Verde. Almería, y Lionel Messi por partida doble para el conjunto catalán.

Con este nuevo campeonato, Municipal volvería a ser el equipo más ganador de Guatemala contando con 31 títulos de Liga. Después de ser primero en la reclasificación, en los cuadrangulares semifinales le correspondió jugar con el Medellín, Envigado y el Deportivo Cali, al final de este, quedó primero con 10 puntos. Los resultados fueron: con Junior 1-2 y 2-1; con Cortuluá 4-3 y 3-2; y con el Deportivo Pasto 3-2 y 0-1; y así llegó a la final del Finalización ante el DIM. El primer partido quedó 0-0 y el segundo lo ganó Nacional 1-0. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser este el ganador del Torneo Apertura. El topónimo Ardoz por su parte se debe a la existencia del arroyo Ardoz que atraviesa la ciudad por el este del municipio (al entrar en la ciudad se convierte en un arroyo subterráneo). Es uno de los pocos clubes que ostenta el récord de haber marcado uno de los goles más rápidos de la liga. El 27 de mayo de 1933, debido a los gastos elevados para la mantención de los equipos, los ocho clubes de la División de Honor de la Asociación de Football de Santiago (AFS) -Audax Italiano, Badminton, Colo-Colo, Green Cross, Magallanes, Morning Star, Santiago National y Unión Deportiva Española- exigieron rebajar del 30% a un 20% el porcentaje que se cobraba por permanecer en la categoría, lo cual fue rechazado por la AFS.

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